Le domaine de Châteauneuf connaît une période d’abandon aux 15e et 16e siècles, période marquée par la guerre de Cent ans (1337-1453) et les guerres de religions (1562-1598).

 

En 1543, François Ier (1515-1547) accorde à Jean Caraccioli, prince de Melphes et maréchal de France, plusieurs domaines pour le récompenser dont Châteauneuf. Jean Caraccioli et sa famille en ont l’usufruit, c’est-à-dire qu’ils peuvent utiliser le domaine et en percevoir les revenus, sans en être propriétaires. Le dernier Caraccioli disparu, Châteauneuf revient à Catherine de Médicis, celle-ci ayant reçu le duché d’Orléans en douaire (biens laissés par un mari à sa veuve). En 1584, la reine vend la « terre, seigneurie et châtellenie » de Châteauneuf au financier Vincent Bouhier de Beaumarchais par la procédure d’engagement féodal, c’est-à-dire comme usufruitier avec faculté perpétuelle de rachat par la couronne.

 

Débute alors pour Châteauneuf le temps des seigneurs engagistes, plus soucieux souvent de rentabiliser leurs investissements que d’entretenir le domaine. Les contrats d’acquisition comportent toutefois une clause : les réparations effectuées sont en partie remboursées en cas de rachat.

En 1594, le domaine est de nouveau engagé au profit cette fois de l’intendant et contrôleur général des finances, Jacques Vallée des Barreaux.

Une gravure de Claude Chastillon, ingénieur et topographe du roi, montre le château au début du 17e siècle dans un complet état de délabrement. Devant « l’estat et ruyne » du château, Jacques Vallée lance des travaux de rénovation : « remuement de terre, rellèvement de canaux, plans et pallissades qu’autres embellissemens pour la décoration dudict chasteau ». En 1620, Châteauneuf revient à François d’Orléans, comte de Saint-Paul, et à son épouse, qui le détiennent jusqu’en 1639 (sauf entre 1631-1633, où le seigneur engagiste est Charles de l’Hospital). Des travaux sont réalisés : réfection des perrons et création d’un parc (l’achat de terrains permet la plantation d’allées d’ormes). Jusqu’en 1640, ces travaux de restauration et d’embellissement paraissent cependant d’ampleur limitée. Ainsi dans un devis de 1640, Théodore Lefèvre, architecte de Gaston d’Orléans, frère du roi, décrit le mauvais état du grand corps de logis, de la grande salle et de la chapelle qui menace ruine. Il propose notamment d’abatte la grosse tour construite par Louis Ier d’Orléans. Plusieurs engagistes se succèdent encore.

En 1644, le domaine est adjugé au financier Michel Particelli d’Emery.

​